国家一级与二级水生野生动物是受国际法律保护的，如果要捕捉，必须向主管部门申请办理水生野生动物特许捕捉证。
上海申请办理水生野生动物特许捕捉证所需材料及流程如下：
1、水生野生动物特许捕捉证审批部门：上海市水产办公室。
2、水生野生动物特许捕捉证办理地址：上海市四川中路320号5楼。联系电话：63219239。
3、水生野生动物特许捕捉证审批时限
自受理之日起7个工作日内办结或审核完毕报农业部审批。
4、水生野生动物特许捕捉证申请对象资格
需捕捉国家一级、二级保护水生野生动物并符合相应条件的单位或个人。
5、水生野生动物特许捕捉证申请所需材料
凡申请捕捉水生野生动物的，应当如实填写《水生野生动物利用特许证件申请表》，并随表附报有关证明材料：
(一)因科研、调查、监测、医药生产需要捕捉的，必须附上省级以上有关部门下达的科研、调查、监测、医药生产计划或任务书复印件1份,原件备查；
(二)因驯养繁殖需要捕捉的，必须附上《驯养繁殖证》复印件1份；
(三)因驯养繁殖、展览、表演、医药生产需捕捉的，必须附上单位营业执照或其他有效证件复印件1份；
(四)因国际交往捐赠、交换需要捕捉的，必须附上当地县级以上渔业行政主管部门或外事部门出据的公函证明原件1份、复印件1份。
有下列情形之一的，不予发放《捕捉证》：
(一)申请人有条件以合法的非捕捉方式获得申请捕捉对象或者达到其目的的；
(二)捕捉申请不符合国家有关规定,或者申请使用的捕捉工具、方法以及捕捉时间、地点不当的；
(三)根据申请捕捉对象的资源现状不宜捕捉的。
取得《捕捉证》的单位和个人，应当遵守下列规定：
在捕捉作业以前,必须向捕捉地县级渔业行政主管部门报告，并由其所属的渔政监督管理机构监督进行捕捉；
捕捉作业必须按照《捕捉证》规定的种类、数量、地点、期限、工具和方法进行，防止误伤水生野生动物或破坏其生存环境；
捕捉作业完成后，捕捉者应当立即向捕捉地县级渔业行政主管部门或其所属的渔政监督管理机构申请查验。捕捉地县级渔业行政主管部门或渔政监督管理机构应及时对捕捉情况进行查验，收回《捕捉证》，并及时向发证机关报告查验结果、交回《捕捉证》。
6、水生野生动物特许捕捉证审批程序
①申请捕捉国家一级保护水生野生动物的，申请人应将《水生野生动物利用特许证件申请表》和证明材料报经申请人所在地省级渔业行政主管部门审核后，报农业部审批。
需要跨省捕捉国家一级保护水生野生动物的，由申请人所在地省级渔业行政主管部门签署意见后送捕捉地省级渔业行政主管部门审核，捕捉地省级渔业行政主管部门签署意见后报农业部审批。
②申请捕捉国家二级保护水生野生动物的，申请人应将《水生野生动物利用特许证件申请表》和证明材料报经申请人所在地县级渔业行政主管部门审核后，报省级渔业行政主管部门审批。
需要跨省捕捉国家二级保护水生野生动物的，由申请人所在地省级渔业行政主管部门签署意见后报捕捉地省级渔业行政主管部门审批。
7、水生野生动物特许捕捉证办理依据
《中华人民共和国野生动物保护法》第十六条、《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》第十三条、《中华人民共和国水生野生动物利用特许办法》第八条。